Christian Altenburger studierte an der Musikuniversität seiner Heimatstadt Wien und bei Dorothy DeLay an der Juilliard School New York. Mit 19 Jahren debütierte er als Solist im Wiener Musikverein. Rasch folgten Engagements bei internationalen Spitzenorchestern unter Dirigenten wie Claudio Abbado, James Levine, Zubin Mehta, Dennis Russell Davies u.a. Neben seiner solistischen Tätigkeit entwickelte sich die Kammermusik zu einem besonderen Schwerpunkt seiner künstlerischen Arbeit. Christian Altenburger konzertiert nicht nur leidenschaftlich gerne mit Kollegen und Freunden wie Silke Avenhaus, Patrick Demenga, Heinz Holliger, Michel Lethiec, Arto Noras, Ulf Rodenhäuser, Markus Schirmer, Melvyn Tan u.a., sondern engagiert sich auch bei der Planung profilierter Programme. Von 1999 bis 2005 fungierte er gemeinsam mit der Schauspielerin Julia Stemberger als künstlerischer Leiter des Festivals Mondseetage.
Seit 2003 obliegt ihm die künstlerische Leitung des Kammermusikfestivals Schwäbischer Frühling, und seit 2006 ist er künstlerischer Leiter des Musikfestivals Loisiarte. 2001 wurde Christian Altenburger als Professor an die Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien berufen.